Ved lov nr. 357 af 2. juni 1999 om undersøgelseskommissioner blev retsplejelovens § 21 og § 21 a om kommissionsdomstole og undersøgelsesretter ophævet. Med den nye lov blev det tillige bestemt, at justitsministeren kan nedsætte en kommission til at gennemføre en undersøgelse af nærmere bestemte forhold af almenvigtig betydning, og at en sådan kommission skal nedsættes, hvis Folketinget vedtager beslutning herom.
Lovforslag nr. 3 af 8. oktober 1997 om undersøgelseskommissioner
Betænkning afgivet af udvalget for forretningsordenen den 5. maj 1999 over forslag til lov om undersøgelseskommissioner
Lovændringen bygger i det væsentlige på forslagene i betænkning 1315 om undersøgelsesorganer afgivet af udvalget vedrørende undersøgelsesorganer i 1996. Behovet for lovændringen er udtrykt i betænkningens afsnit 3.2.1. Heraf fremgår blandt andet følgende: “Som et væsentligt kritikpunkt mod anvendelse af undersøgelsesretter har der været peget på, at der knytter sig nogle principielle betænkeligheder til, at dommere, når de leder undersøgelsesretter, udfører opgaver, som efter deres art ikke er sædvanlige for domstolene, og at de herved – til skade for tilliden til domstolene – kan blive gjort til aktører i sager, der reelt er afspejlninger af politiske konflikter. Et andet kritikpunkt har været, at undersøgelsesretternes indstillinger – selv om de kun kan vedrøre grundlaget for andre myndigheders eventuelle indledning af disciplinærforfølgning m.v. – i medierne og i det politiske liv tillægges en videregående betydning, en slags »domsvirkning«. Dette hænger formentlig i væsentlig grad sammen med, at retterne beklædes af dommere, typisk af landsdommere eller højesteretsdommere.”
Notat af 28. august 2009 fra Folketingets lovsekretariat om undersøgelseskommissioner og andre undersøgelsesformer. I notatet omtales de undersøgelseskommissioner, som siden lovens vedtagelse i 1999 har været nedsat.
Justitsministeriets 2. udkast af 3. maj 2011 til kommissorium for en undersøgelseskommission i sagen om indfødsret til statsløse personer.
Den 5. december 2002 besluttede folketinget, at regeringen i henhold til lov om undersøgelseskommissioner skulle nedsætte en undersøgelseskommission med henblik på undersøgelse af “Farum-sagen”. Farum-kommissionen afgav den 2. september 2005 redegørelse til justitsministeren om kommissionens arbejde.
PET-kommissionen blev nedsat ved lov nr. 359 af 2. juni 1999 og har den 24. juni 2009 afgivet en beretning til Justitsministeren om resultatet af undersøgelsen. Beretningen består af i alt 16 bind.
Beretning afgivet af Udvalget for Forretningsordenen den 23. maj 2007 om Dan Lynge-sagen.
Ved lov nr. 389 af 22. maj 1996 blev det bestemt, at der skulle nedsættes en undersøgelseskommission med henblik på undersøgelse af den såkaldte “Nørrebro-sag”. Beretning i henhold til lov nr. 389 af 22. maj 1996 om undersøgelse af Nørrebrosagen.
I bemærkningerne til lov nr. 452 af 9. juni 2004, hvor en bestemmelse om, at der skulle fremsættes forslag om revision af loven i folketingsåret 2003-04, blev ændret, således at tidspunktet for fremsættelse blev udskudt til folketingsåret 2005-06, omtales de 3 undersøgelser, der i tiden fra lovens ikrafttræden i 1999 og frem til 2004 havde været nedsat.