§ 98 i retsplejeloven har følgende indhold:

“Stk. 1. Justitsministeren er de offentlige anklagere overordnet og fører tilsyn med disse.

Stk. 2. Justitsministeren kan fastsætte bestemmelser om de offentlige anklageres udførelse af deres opgaver.

Stk. 3. Justitsministeren kan give de offentlige anklagere pålæg vedrørende behandlingen af konkrete sager, herunder om at begynde eller fortsætte, undlade eller standse forfølgning. Et pålæg i medfør af denne bestemmelse om at begynde eller fortsætte, undlade eller standse forfølgning skal være skriftligt og ledsaget af en begrundelse. Endvidere skal Folketingets formand skriftligt underrettes om pålægget. Hvis de hensyn, der er nævnt i § 729 c, stk. 1, gør det påkrævet, kan underretning udsættes. Pålægget betragtes i relation til aktindsigt i medfør af §§ 729 a-d som materiale, politiet har tilvejebragt til brug for sagen.

 Stk. 4. Justitsministeren behandler klager over afgørelser truffet af rigsadvokaten som 1. instans, jf. dog bestemmelsen i § 1018 e, stk. 4.”

Af § 98, stk. 3, fremgår det således, at “justitsministeren kan give de offentlige anklagere pålæg vedrørende behandlingen af konkrete sager, herunder om at begynde eller fortsætte, undlade eller standse forfølgning”.

Denne bestemmelse om, at Justitsministeren har instruktionsbeføjelser overfor anklagemyndigheden med hensyn til førelsen af konkrete sager, svækker uafhængigheden af anklagemyndigheden, og den øger risikoen for at anklagemyndigheden politiseres.

I  resolution 1685 (2009) fremkommer Europarådets parlamentariske forsamling med en række henstillinger til medlemslandene i anledning af, at der er fremkommet påstande om, at det straffeprocessuelle system i medlemsstaterne har været genstand for politisk misbrug. Henstilling nr. 5.4.3. er rettet mod Tyskland. Denne henstilling har følgende formulering: “.. the Assembly calls on Germany to abolish the possibility for ministers of justice to give the prosecution instructions concerning individual cases ..”

Med  Beslutningsforslag nr. 46 fremsat den 13. november 2003 af Anne Baastrup (SF), Elisabeth Arnold (RV) og Line Barfod (EL) blev der fremsat et forslag til en folketingsbeslutning om ophævelse af justitsministerens beføjelser i konkrete straffesager. I beslutningsforslaget anføres blandt andet følgende:

“Folketinget pålægger justitsministeren at fremsætte lovforslag
–   om ophævelse af justitsministerens beføjelser efter retsplejeloven til at give de offentlige anklagere pålæg vedrørende behandlingen af konkrete sager, herunder om at begynde eller fortsætte, undlade eller standse forfølgning, og
–   om ophævelse af justitsministerens særlige enekompentence som anklager i sager om forbrydelser mod statens selvstændighed og sikkerhed og mod statsforfatningen og de øverste statsmyndigheder m.v., jf. straffelovens kapitel 12 og 13.”

 Justitsministerens kompetence blev ikke ophævet som følge af beslutningsforslaget, men med  lov nr. 368 af 24. maj 2005 blev der indsat en række formkrav, som gælder i tilfælde, hvor Justitsministeren vil benytte sin beføjelse til at udstede pålæg til anklagemyndigheden med hensyn til behandlingen af konkrete sager.

 Retsplejelovens §§ 99 til 107 regulerer spørgsmålet om fordelingen af straffesager mellem Rigsadvokaten, statsadvokaterne og politiet. Udgangspunktet er, at det er Rigsadvokaten, der behandler straffesager ved Højesteret og Den Særlige Klageret, at det er statsadvokaterne, der behandler straffesager ved landsretterne og politidirektøren og de anklagere, der er ansat ved politidirektørerne, der behandler straffesager ved byretterne. Der er dog undtagelser fra denne hovedregel. Se nærmere herom i bemærkningerne til  lov nr. nr. 156 af 28. februar 2012 om fordelingen af opgaverne mellem politikredsene og statsadvokaturerne m.v.